Thành phố Gongju nằm ở trung tâm phía đông tỉnh Chungcheongnam-do. Phía đông giáp với Thành phố tự trị đặc biệt Sejong và Thành phố Daejeon, phía tây giáp với Huyện Cheongyang và Huyện Yesan, phía nam giáp với Huyện Buyeo và Thành phố Nonsan, phía bắc giáp với Thành phố Asan và Thành phố Cheonan.
Tổng diện tích của thành phố Gongju là 864,29 km², chiếm 10,5% tổng diện tích tỉnh Chungcheongnam-do (8.213,36 km²), là khu vực rộng nhất trong số 15 thành phố và huyện trong tỉnh, tương đương khoảng 0,95% tổng diện tích Hàn Quốc (99.407,9 km²), diện tích đất canh tác(ruộng lúa và ruộng cày) là 185,82 km², chiếm 19,76% tổng diện tích, thấp hơn một chút so với tỷ lệ đất canh tác trung bình của cả nước. Tỷ lệ ruộng lúa và ruộng cày là 66:34, tỷ lệ ruộng lúa cao hơn so với mức trung bình toàn quốc (61:39), nhưng tỷ lệ rừng lại cao hơn mức trung bình toàn quốc khoảng 5%.